Comandante en Jefe es el máximo cargo y grado militar existente en determinados países de todo el mundo.

El cargo como tal significa que es el comandante de todas las fuerzas armadas del país. En la mayoría de los casos son los jefes de Estado o el jefe de gobierno por intermedio del ministro de defensa o similar. Con esto se refuerza la noción que es la autoridad civil y política la que esta a cargo de las fuerzas armadas. Fue instaurado por primera vez por Carlos I de Inglaterra en 1639.

Este cargo recibe el nombre de Capitán General de Todos los Ejércitos (o Capitán General de los Reales Ejércitos) en España y el titúlo lo ostenta Su Majestad el Rey D. Juan Carlos I.

En Argentina el Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas es el presidente de la Nación.